僵住，齿轮发出痛苦的吱呀声。记忆画面浮现：镇长为了让病逝的女儿复活，与黑暗炼金术师做了交易，用时间花种换取永生机械躯体，却永远失去了感情。
“时间不该被用来制造永恒的痛苦。”小夏将花种埋进镇中心的枯井。金色藤蔓破土而出，铁锈纷纷剥落，居民们恢复了笑容，铁皮镇长也变回普通人，捧着蝴蝶结泣不成声。
随着收集的花种增多，小夏发现每颗种子都承载着不同的遗憾：被战争摧毁的玫瑰花园，因贪婪消失的精灵村落，还有被遗忘的童年乐园。在最后一片沙漠，他们遇到了守护最后花种的沙巨人。
“人类夺走了太多，我不会再让你们破坏！”沙巨人扬起的沙尘暴遮天蔽日。小夏却张开双臂，任由沙子打在脸上：“我们不是来夺取，是来弥补！”她将收集的花种抛向空中，种子化作金色雨滴，滋润着干涸的土地。
沙巨人渐渐缩小，露出里面被困的时间精灵。原来她就是钟摆失踪的妹妹沙漏，三百年前为了保护花种，自愿与沙巨人融为一体。“对不起，我来晚了。”钟摆紧紧抱住妹妹。
时间花园在黎明中重生，小夏将最后一颗花种埋进土壤。七种颜色的时间花同时绽放，花瓣上流转着过去、现在和未来的光影。钟摆将蒲公英形状的怀表送给她：“这是时间的礼物，当你需要回忆，就打开它。”
世界重新开始流动，小夏回到家中，发现桌上多了朵永不凋谢的蒲公英。每当夜晚来临，她就会打开怀表，听着齿轮转动的声音，看着表盘里绽放的时间花——那些被修复的记忆，永远绽放在时光的长河里。