港两处公馆失陷，耗费巨大，兰芳公司元气自此大伤。荷兰东印度公司趁机斡旋停战，插手并暗中控制兰芳共和国。
1842年，兰芳六十六年，万那土人反叛，时任大总制古六伯与之大战，饷械不继，败绩。众以古六伯无能，迫之解职。
古六伯见兰芳国势艰难，辞职返华。谢桂芳接任第八任总制，年已老迈，且有风疾，八个月后去世。
1843年，叶腾辉继任第九任总制，因为叶腾辉家人常住东万律，叶有事则公办，无事则经商。
据传说双峰林道乾的子孙后代与部分土着达雅克人通谋作乱，叶便遣人征之。
双峰离东万律约有二日半路程。所费较巨，但叶腾辉对于此事未与他人商议，不合民治精神，被讥为独裁。
叶腾辉本来就不愿意当这个被荷兰人控制的大总制，于是便引咎辞职返华。
1845年，也就是现在，刘乾兴继任第十任统制，他也不到总厅办公，也是把心思放在自己家族的生意上。
所以，从外部来看，兰芳共和国是一个独立的国家，其实内部已经丧失团结。荷兰人已经通过各种手段在暗中掌控，甚至一度控制了兰芳共和国的商贸税收。
但由于荷兰人并没有管理兰芳共和国的人力，表面上还需要兰芳共和国这个架子来管理民政事务以及处理华人之间，以及华人与土人之间的矛盾。
但在这些矛盾中，荷兰人都在按照自己的利益来挑拨离间，或者金钱收买来掌控方向。
坚持罗芳伯当年理想的华人也有一批势力，以李添全、郭亚真为首，他们都是总制厅追随罗芳伯那些人的后代。
这些后代，个人家族并未有多少经商资产，大多以薪金为主要来源，类似于后世的国家公务员，他们的利益与兰芳共和国这个国体更加休戚相关。
整个兰芳共和国的状况其实已经堪忧，能选出来有能力主政的商人多半精力在自己家族生意上，而没有政治上的追求。
有政治追求的人又没有那个实力让多数人认可，而且荷兰人在深层搅动，用各种方式扶持愿意接受他们好处的人上台主政。
正因为这样的混乱政局，“新南号”在兰芳共和国的情报工作前期并未取得多大进