然而，“黑暗崛起”组织也并非毫无准备。他们启动了一种新型的干扰装置，能够释放出强大的电磁脉冲，不仅干扰了联盟战舰的武器系统，还对古老文明的空间扭曲技术造成了影响。神秘力量的特种部队在基地内部也遭遇了重重阻碍，敌人的内部防御系统迅速启动，大量的机械卫兵涌出，对他们展开围剿。
在这关键时刻，联盟的科研人员迅速研发出一种抗电磁干扰的芯片，并通过紧急改装，安装到战舰的武器系统上。战舰恢复了战斗力，再次向敌人的能量护盾发起猛攻。古老文明的舰队则调整了空间扭曲的频率，成功抵御了电磁脉冲的干扰，继续对敌人侧翼发动攻击。
神秘力量的特种部队在与机械卫兵的战斗中，发现了敌人防御系统的一个弱点。他们集中精神力，对机械卫兵的控制中枢发动攻击，成功瘫痪了部分机械卫兵。随后，他们沿着基地内部的通道，迅速向核心区域推进。
在外部，联盟战舰终于成功突破了敌人的能量护盾。战舰如猛虎般冲入基地内部，与神秘力量的特种部队会合。双方携手，继续向“黑暗崛起”组织的指挥中心前进。一路上，他们遭遇了敌人的顽强抵抗，但凭借着强大的战斗力和紧密的协作，逐渐消灭了敌人的有生力量。
当他们终于抵达指挥中心时，“黑暗崛起”组织的核心成员正准备启动终极武器。这是一种能够引发黑洞不稳定，从而产生巨大能量波动，足以摧毁联合组织总部以及周围大片星系的可怕武器。特别行动部队的成员们毫不犹豫地发起攻击，与敌人展开了最后的殊死搏斗。
在激烈的战斗中，一名联盟的战士奋不顾身地冲向终极武器的控制台，试图阻止敌人启动武器。他在敌人的火力攻击下身负重伤，但依然凭借着顽强的意志，成功破坏了控制台。终极武器的启动程序被中断，“黑暗崛起”组织的阴谋再次破产。
随着指挥中心被占领，“黑暗崛起”组织的残余成员纷纷投降。特别行动部队成功摧毁了“黑暗崛起”组织在幻影星云的核心基地，消除了这一威胁宇宙新秩序的重大隐患。
与此同时，在联合组织的努力下，文化融合和资源分配问题也取得了显着进展。灵韵文明和赛博文明在联合科研项目上取得了重大突破，他们成功结合精