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朱由检皱紧眉头，他知道此事阻力最大，但他必须尝试。“毕爱卿所言驿站旧弊，朕亦知晓。朕的意思，并非是原样恢复，而是要‘整顿恢复’！可以核定驿站规模，严禁滥用，加强监管，惩治贪腐！难道因噎可以废食？千里之外的军情，若需半月方达京师，战机早已贻误！地方灾情民变，若不能及时上达天听，星星之火亦可燎原！这其中的利害，诸卿难道不明白吗？”
他语气严厉，但群臣依旧争论不休。朱由检知道，全盘恢复暂时无望，只能退而求其次：“也罢！此事容后再议。但兵部！九边军驿，关乎军情速递，必须优先确保畅通！所需人手马匹，酌情增补，钱粮由户部协调解决！若再有军情因驿路不畅而延误者，朕唯尔等是问！” 他先将最重要的军驿问题强行压下。至于民驿能否恢复，只能徐徐图之。
最后，朱由检深吸一口气，提出了今日最后一个，也是最为深远的一个议题。
“其四，军功赏罚。强军之本，在于赏罚分明，纪律严整。然朕闻，如今军中杀良冒功、临阵争抢首级以致阵型混乱者，屡见不鲜！此非勇武，乃自毁长城！以人头论功之法，弊端丛生，长此以往，军不成军，国将不国！”
他声音转厉，带着痛心疾首的意味：“朕意，当效仿古制，革新军功体系！斩获首级固然记功，但更要看队伍阵型之完整、夺取器械旗帜之多寡、俘虏之数量等级、攻城拔寨之贡献、坚守阵地之时长！当赏罚结合，重集体功勋，严战场纪律！如此，方能练出百战精兵！”
他目光扫向兵部尚书王洽：“此事，朕责成兵部，会同京营及边镇勋臣宿将，详议此事，尽快拿出一个革新军功赏罚的章程草案，呈朕御览！”
改革军功体系，触动的是整个军队的旧习和无数将领的利益，其难度可想而知。王洽面露难色：“陛下圣见高远。然军功旧制沿用已久，骤然改革，恐……恐军心浮动。且新制如何量化、如何监督，千头万绪，非一朝一夕可成……”
“正因其难，才需去做！” 朱由检打断他，“朕知道不易，但方向必须明确！细节可以慢慢完善，但‘杀良冒功必惩、集体功勋重赏’的原则，必须立下！兵部先拿出草案来，朕自有决断！”
一番话说得斩钉截铁