刘秀估计长安将来必为赤眉所破，想乘机夺取关中。
刘秀知邓禹沉深有大度，拜邓禹为前将军，行王事，率精兵二万前往，
并令其自选偏裨以下的人与其同去，邓禹以韩歆为军师，李文﹑李春﹑程虑为祭酒，
冯愔为积弩将军，樊崇为骁骑将军，宗歆为车骑将军，邓寻为建威将军，
耿欣为赤眉将军，左于为军师将军，引兵西进。
邓禹率军越太行山，出箕关进取河东。
河东都尉闭关拒守，经战十日，大破守军，夺获大批军资粮秣。
继而又率军围安邑，但数月未能攻下。
更始大将军樊参率数万人，渡大阳欲攻邓禹，邓禹派诸将在解南迎战，大破敌军，斩樊参。
于是王匡﹑成丹﹑刘均等合军十余万，共击邓禹。
初战，邓禹失利，樊崇战死。
天黑后双方停战，军师韩歆和诸将见气势已挫，都主张乘夜退走，邓禹不从，认为王匡之军虽多，但势不强。
第二天利用王匡停止进攻之机，重新组织队伍，调整部署。
第三天清晨，王匡尽出其军攻打邓禹，邓禹令军中不得妄动，严阵以待，坚守不出。
待王匡军至营前，猝然击鼓，全师猛扑，大破王匡军。
王匡军至等皆弃军而逃，邓禹率轻骑急追，俘刘均及河东太守杨宝﹑持节中郎将弭强，
将其斩杀，收得节六，印绶五百，兵器不可胜数，遂定河东。
同月，刘秀已在鄗邑即帝位，派使者持节拜邓禹为大司徒。
河东既定，邓禹又率得胜之师于汾阴渡河，入夏阳。
更始中郎将左辅都尉公乘歙，带其部众十万，与左冯翊兵共同拒邓禹于衙县，
邓禹再次将其攻破赶走，而赤眉军就进入长安。
这时三辅的军队接连覆败，赤眉军所过之处残暴掠夺，百姓不知所归。
听说邓禹每每乘胜独克而部队纪律严明，于是都望风携老扶幼迎接邓禹军队，归从的日以千数，人众号称百万。
邓禹每到之处，常停车住节，慰劳问好，父老童稚，白发垂髻，
挤满在他车下，莫不感激欢