日斩无法解开树枝的缠绕，于是以“通灵”召唤出战友“猿猴王”猿魔，并令其化为“金钢如意棒”斩断缠绕着的树枝。 他在往日的师父面前露出自己的真面目——面具下一个不为人知的年轻貌美的女忍者的脸，去证明自己的转生术已经成功，并已夺取了此人的身体作自己之用长达多年(此时大蛇丸虽然灵魂没变，但在生理上完全是个女人，无面具伪装时说话声音为此女的声音)。第三代火影见往日的弟子已经走火入魔，决定清理门户。
被尸鬼封尽夺去双手 二人交战时最初打得不相上下，第三代火影虽被称为“最强火影”，但由于年迈体衰，实力不如年轻时期，无法招架，只好使用当年四代目火影封印九尾的忍术——尸鬼封尽，三代目火影用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，大蛇丸操纵草雍剑将第三代火影重创，最终未能完全封印大蛇丸，只废了他的双手，使其无法使用忍术。
他的双手被废掉后，失去了使用忍术的能力（因为绝大部分忍术皆要以手结印和提炼查克拉才能使出），只好带领音忍撤退。砂忍后来才知道真正的风影已被大蛇丸暗杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃计划”，最终以失败告终。
三忍大战 三忍大蛇丸 大蛇丸为了治疗双手，他和部下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和恋人复活（即秽土转生禁术）作交易条件，并以七日为限期。七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状打算制服纲手，逼迫其为自己治疗。同时自来也和鸣人也赶到了现场。
最初大蛇丸利用纲手怕血这一弱点稳占上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。
鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术-螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。此时大蛇丸和自来也正打得十分激烈，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，结果剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。
之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。 之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故命令音忍四人众前往劝