说佐助投靠音隐村。佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。）临时以忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。尽管后来音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕彻底死亡，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。
疾风传前期 三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索，令大蛇丸吃惊的是，试验体大和存活了下来，随后与因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗（兜称这是怪物之间的战斗），后来却因身体已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。
但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找佐助的位置。途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先去寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。 不久，鸣人、小樱跟佐助再度见面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。
这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员(因为大蛇丸曾是‘晓’的成员，叛离晓组织后同时被‘晓’追杀)。
佐助会意而放弃杀害鸣人等人的念头，和大蛇丸一起随风而消失。
不尸转生的三年期限结束后，连兜的药也救不了他，大蛇丸认为是时候利用佐助的身体进行灵界转生。 另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，没有什么利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。大蛇丸也不甘示弱，使用白蛇使役术将自己变为体型庞大的巨蛇，威力极为强大。
大蛇丸打算通过此术来占据佐助的身体，结果因身体极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助吸收，灵魂与力量被完全压制。 之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出了大蛇丸，他重见天日后使用出八岐之术，打算就此夺取佐助的身体，同时与鼬一较高下，结果被自己苦心寻找的十拳剑封印了几乎全部的查克拉，保命用