战乱年代，因此柱间没有阻止扉间，但是在创立木叶隐村后，柱间就禁止扉间再使用这个忍术了，随着时间的流逝，由第二代火影扉间所发明的禁术塞满了整个木叶藏书室。 在终结谷大战之后，宇智波斑败在了哥哥柱间的手下，斑的尸体对于各国忍者而言就是一座宝库，一心研究写轮眼之谜的扉间并没有处理掉斑的尸体，而是将斑的尸体藏到了木叶的深山，开启万花筒写轮眼的深入研究。
然而斑算准了即便败在千手的手下，扉间也不会处理掉自己的尸体，于是他在临死前将伊邪那岐设在了右眼中，以右眼为代价改写现实得以复活，并将影分身装成尸体，然后悄无声息的离开了木叶的深山。 继任火影 漫画图片 若干年后，随着哥哥柱间的去世，导致先前五大国之间和平开始动摇。
此时柱间的弟弟扉间继任火影之位，挺身而出保护着村子与居民。 在任期间，扉间倾其全力建设村子的根基，他将哥哥建立的木叶小苗养育成大树，由扉间的努力，使千手一族在村子里的发言权更高了。为解决内忧外患扉间展现了高超的政治手腕，设立直属火影的暗部巩固领导核心的权威；成立木叶警务部队，主要职务均由宇智波一族的人担任；这既是表达对宇智波的信任，同时也可以观察宇智波的一举一动。
自此之后，宇智波一族在木叶的名望、权力达到顶峰。对外方面，扉间设立暗部。由火影直接指挥，加强中央集权。是当时五大国当中首个特务组织。同时为了保障意志的传承，建立了木叶忍者学校。现今很多优秀忍者皆出自该校。扉间的以上做法，被其他各国忍村争相效仿，对忍界产生了深远的影响。
设立暗部为了巩固领导核心的权威，扉间建立了暗部，暗部的成员都是扉间从村子里筛选出的优秀忍者，主要进行保护火影和预防外敌侵入木叶的工作，有时还负责侦察敌情和暗杀等任务，其成员行动时都戴着模仿动物的白色面具，任务性质及其他一切资料均保密。
暗部由火影直属，部队底下设多个分队，由分队长统一传达命令和领导执行任务。 在第二代火影的时代，千手扉间培养出以“虎”、“爆”、“牛”为代表的大量暗部成员。
设立警务部 漫画图片 为了防止下一个斑出现，千手扉间决定整合与引导宇智波