次出发
爱德华和阿尔丰斯为了修理机械铠甲再次回到利赞布鲁
从把自己的家烧毁,踏上寻找贤者之可的旅程开始,再次回到故乡已经相隔了四年
皮纳可和温莉一边说着难听的话,一边温暖的欢迎二人
爱德华和阿尔丰斯为了得到蒂姆马鲁克医生遗留下来的贤者之石的资料--「马鲁克笔记」再次回到中央，可是,资料的存放地--中央图书馆第一分馆却因为火灾而消失了，根据目击者的供词,引起火灾的犯人就是欺卡
为了取回失去的一切,艾尔林克兄弟一直不断的追寻贤者之可,但却发现那原来是要牺牲活人才能得到的东西
爱德华受到严重的打击,决心寻找马鲁克遗留下来的留言中那句「真相中的真相」的真正意思
爱德华和阿尔丰斯发现了原来研究贤者之石的地点就是「第五研究所」，应该是废墟的「第五研究所」却隐藏着无数的陷阱，接着有两个黑影袭击爱德华和阿尔丰斯,原来他们是死囚48号和66号
爱德华和48号死囚在「第五研究所」展开决战,为了得到贤者之石的情报,攻防战在继续着
另一方面,在研究所的中庭,阿尔丰斯和66号的战斗也开始了
爱德华深入研究所内部,那里是以往为了把錬金术转为军事用途而进行大规模生体錬成的地方，研究所内放置了大量未完成的贤者之石和巨大的錬成阵，塔卡提议爱德华利用这些资料来完成贤者之石
爱德华伤痕累累的在医院的病床朦胧中清醒过来
阿尔丰斯也以半坏的姿态被放置在房间的一角，虽然距离贤者之石只差一步，爱德华却因为自己未能踏出这步而内心受到折磨
困惑的阿尔丰斯,怀疑自己的记忆和灵魂都是虚假的,于是从爱德华面前逃走，独自站立于街角的他，遇上了两位伊斯巴尔少年兄弟莱昂和利克，二人把阿尔丰斯带到伊斯巴尔人隐密的营地,在那里,阿尔丰斯再次遇上了意想不到的人
爱德华和阿尔丰斯摸索不让大家面临危险而又能够恢复回状的方法，二人为了寻找这可能性以及跟师父见面,决定前往达布里斯，温莉与他们俩人同行前往途中经过机械铠的圣地拉什巴兰
另一方