近年来，因人类活动干扰，中华白海豚数量已呈下降趋势，若大桥建设不加干预，这一珍稀物种的生存状况将雪上加霜。
此外，该区域作为东亚 - 澳大利西亚候鸟迁徙路线的重要节点，每年吸引着超过168种、数十万只候鸟在此停歇、觅食。大桥建设及运营产生的光污染、噪音污染，会迫使候鸟改变迁徙路线，打乱它们的生活习性，进而影响整个生物链的平衡。不仅如此，施工过程中产生的大量泥沙、废弃物排入海洋，将导致海水浑浊度增加、溶解氧含量降低，众多海洋生物的生存空间将被严重挤压，生物多样性遭受重创。
在追求经济发展的同时，如何守护好这一方生态净土，实现发展与保护的平衡，已成为摆在港九—珠城—澳城跨海大桥项目面前亟待解决的难题。毕竟，生态环境一旦遭到破坏，其修复难度和代价将难以估量，而这一后果，终将由人类自己买单
华夏环境报是华夏环境保护方面唯一的报刊，曾经公开报道过一些大型的环境污染而声名渐起，在环境保护方面，相对比较权威，港九——珠城——澳城跨海大桥的这篇批评报道一出，在网络水军的引导下，互联网上立刻迎来了一阵非议。