将儿子司马聃立为皇太子。2
登基为帝
建元二年（公元344年）九月二十六日，晋康帝去世。九月二十七日，年仅两岁的太子司马聃即位，尊母亲皇后褚蒜子为皇太后，并由褚太后临朝摄政。第二年改元为永和。3
同年十月二十三日，将晋康帝安葬于崇平陵，十一月初九日，车骑将军庾冰去世。
由于司马聃年幼，所以由褚太后掌政，并由何充辅政。永和二年（公元346年）正月己卯日，何充去世。二月癸丑日，由司徒蔡谟与会稽王司马昱辅政。5
此后赵石虎病死，中原大乱。晋穆帝在位期间东晋朝廷先后令褚裒6
、殷浩北伐，均未成功。
永和十年（公元354年），太尉、征西将军桓温北伐关中，大败前秦。桓温还消灭了在四川立国的成汉7
，并且于永和十二年（公元356年）夺回洛阳，虽然不久就因为粮运不继而撤退，东晋的版图仍然有所扩大。
英年早逝
升平五年（公元361年）五月丁巳日，司马聃病在显阳殿去世，时年十九岁。司马聃死后，谥号穆皇帝，庙号孝宗，安葬于永平陵8
（今江苏江宁西北幕府山南）。晋成帝司马衍的长子司马丕继位，是为晋哀帝9
历史评价
曹毗《晋江左宗庙歌》之九：“孝宗夙哲，休音允臧。如彼晨离，耀景扶桑。垂训华幄，流润八荒。幽赞玄妙，爰该曲章。西平僭蜀，北静旧疆。高猷远畅，朝有遗芳。”
房玄龄等《晋书》：1“孝宗因繦抱之姿，用母氏之化，中外无事，十有余年。以武安之才，启之疆埸；以文王之风，被乎江汉，则孔子所谓吾无间然矣。”11；2“委裘称化，大孝为宗，遵彼圣善，成兹允恭。西旌玉垒，北旆金墉。迁殷旧僰，莫不来从。”
史籍记载
《晋书·卷八·帝纪第八》13
《魏书·卷九十六·列传第八十四》
《资治通鉴·晋纪》